La flora vascular del Valle del Paular comprende 1.274 taxones de rango específico o subespecífico. Constituye un área de elevada diversidad florística tanto en el marco de la Comunidad de Madrid como en el de la Península Ibérica. La superficie delimitada como Parque Natural de Peñalara alberga una rica y variada flora si consideramos su reducida extensión, y está formada por 343 taxones. Se trata de un área representativa de la flora y la vegetación de los ecosistemas de la alta montaña mediterránea.

Teniendo en cuenta criterios biogeográficos, de endemicidad, o de inclusión en catálogos de protección (Catálogo Regional de Especies Amenazadas de la Comunidad de Madrid, Lista Roja 2000 de la Flora Vascular Española) se ha establecido la flora vascular rara, endémica y amenazada del Parque Natural, constituida por 101 especies. De estas especies, la mitad se han considerado de alto valor por los siguientes motivos: se encuentran muy localizadas, están declaradas en peligro de extinción por el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de la Comunidad de Madrid o están presentes en la Lista Roja de la Flora Vascular Española, o son endemismos del Sistema Central.

Se ha realizado una cartografía de todas estas especies determinando su presencia o ausencia en cuadrículas UTM 100 x 100 m en toda la extensión del Parque Natural. Los resultados obtenidos han definido áreas especialmente sensibles desde el punto de vista florístico sobre las que se han aplicado determinadas medidas de gestión.

A partir de esta información sobre la flora rara, endémica o amenazada, se está trabajando en planes específicos de seguimiento, así como en una cartografía de unidades de vegetación de la comarca del Parque Natural.