En la actualidad se está realizando un seguimiento limnológico mensual de la laguna de Peñalara, con el doble objetivo de evaluar la recuperación del medio y disponer de un sistema de alerta temprana frente a otros impactos o alteraciones en estos ecosistemas.

En definitiva, se trata de de determinar la variación espacial y temporal, detectar posibles impactos, proponer y evaluar medidas de gestión, generar una base de datos ecológicos, y estudiar la evolución de esta laguna frente a factores ambientales.

Los muestreos en la laguna de Peñalara se realizan desde una barca neumática ligera a remo, en el punto de máxima profundidad. Durante los meses invernales se utiliza una broca especial para atravesar la cubierta de hielo de la laguna. En el punto de máxima profundidad está instalada una boya permanente, al objeto de facilitar las tareas de muestreo.

Durante cada muestreo se recoge, dependiendo de la época del año y los objetivos deseados, los siguientes aspectos:

• Condiciones ambientales (temperatura ambiental, nubosidad, viento, precipitación, meteorología de los últimos días etc.).
• Descripción de la cubierta de hielo (densidad, granulometría, estratigrafía y heterogeneidad espacial).
• Hidroquímica de la columna de agua.
• Transparencia del agua.
• Perfil de la estructura fisico-química de la columna de agua, (temperatura, pH, conductividad y oxígeno disuelto).
• Pigmentos fotosintéticos.
• Se recoge el material acumulado en las trampas de sedimento colocadas en la visita anterior.
• Fitoplancton y zooplancton.
• Invertebrados bentónicos.

El seguimiento limnológico ha permitido, entre otros aspectos, fijar las bases para controlar los problemas ambientales en la laguna y plantear adecuadamente el proyecto de erradicación del salvelino. Además, ha permitido obtener una gran cantidad de información sobre sus características ecológicas.