Para determinar el estado ecológico en la cuenca alta del Lozoya se han seleccionado un total de 52 estaciones de muestreo, aunque no todos los índices y análisis se han realizado en cada una de ellas.
Así, se dispone de 27 estaciones principales (4 en el eje principal del río Lozoya y las restantes en sus afluentes) en el que el muestreo es muy completo, mientras que en el resto solamente se ha realizado una evaluación del hábitat fluvial (IHF) y del bosque de ribera (QBR).
La calidad ecológica en cada uno de estos puntos se obtiene a partir de una serie de medidas:
- Análisis químicos del agua, que permiten detectar posibles contaminantes.
- El índice de Calidad del Bosque de Ribera (QBR), que permite la determinación de la calidad de los sistemas ribereños, mediante la valoración de la importancia, la estructura, la naturalidad y complejidad del bosque galería, así como del grado de alteración del canal fluvial ocasionada por el hombre.
- El índice del Hábitat Fluvial (IHF), que evalúa la presencia y naturaleza de los distintos hábitats fluviales. Cuanto mayor es la diversidad de estos hábitats, mayor es la diversidad de organismos acuáticos.
- El índice de macroinvertebrados fluviales (IBMWP), que emplea una puntuación de las familias de invertebrados acuáticos, fundamentalmente insectos, existentes en cada tramo del río. Así, cuantas más especies típicas de aguas limpias aparecen, mayor es la puntuación.
- Durante 2007 también se ha introducido en la evaluación de la calidad el Índice de Macrófitos (IM), basado en una puntuación de los grupos taxonómicos presentes así como su abundancia.
Todos los índices mencionados aportan por separado una información muy valiosa sobre el estado del río, pero el "estado ecológico" se obtiene finalemente mediante la combinación de todos ellos.
De los resultados del seguimiento se concluye que para la calidad biológica de las aguas (índice IBMWP), en el 73% de las estaciones de muestreo se obtiene una calidad muy buena y en el 23% restante una calidad biológica buena. Se observa una ligera disminución de la calidad en el cauce del río Lozoya aguas abajo, previsiblemente por el aumento de la carga orgánica.
Respecto a la calidad del bosque de ribera (índice QBR), el 55% de las estaciones presenta una calidad muy buena o buena, el 37% una calidad intermedia y un 7% una calidad mala. No se han obtenido resultados con calidad pésima del estado ribereño. En cualquier caso, estos resultados apuntan hacia la necesidad de regenerar los bosques de ribera en determinados tramos de los ríos y arroyos, dado su papel fundamental en determinados procesos ecológicos.
Respecto al hábitat fluvial (índice IHF), se ha observado como norma general que los valores más altos corresponden a las zonas situadas a mayor altitud.
En general los resultados obtenidos son coherentes con un buen mantenimiento de los hábitats fluviales de los ríos de montaña. La combinación de estos tres índices (en aquellas estaciones de muestreo en las que se han podido obtener todos) ha permitido evaluar el estado ecológico global del río Lozoya, destacándose que todas las estaciones poseen un estado ecológico bueno. No obstante, el estudio también ha permitido identificar aquellos tramos en que esta calidad ecológica es mejorable, fundamentalmente mediante la restauración de los bosques de ribera, dado su papel fundamental en determinados procesos ecológicos. Ya ha comenzado un programa específico para la regeneración de las riberas en el Valle de El Paular.
Los índices bióticos, frente a los basados exclusivamente en las condiciones químicas, tiene la ventaja de integrar la información ambiental de un cierto periodo anterior al momento del muestreo. No obstante, también se han realizado análisis hidro-químicos como complemento del estudio de la calidad ecológica. La calidad físico-química refleja resultados bastante buenos, denotando un ligero incremento de nutrientes aguas abajo, principalmente nitrógeno y fósforo, pero siempre muy por debajo de los límites establecidos en la legislación.
Por último, hay que destacar que aunque no era el objetivo principal de este proyecto, su realización ha permitido realizar una recopilación bibliográfica de distintos trabajos existentes sobre los macroinvertebrados acuáticos en el río Lozoya, obteniéndose unos resultados muy interesantes en cuanto al elevado potencial biológico-endémico de esta cuenca de cabecera. De los 202 taxones inventariados, existen 35 endemismos ibéricos, destacando las citas de 6 especies protegidas por el catálogo Regional de especies amenazadas que tienen como hábitat dicha cuenca. En los muestreos realizados, y aunque no fue el objetivo la distribución e identificación de especies protegidas, se han generado mapas de distribución de dos especies protegidas en la cuenca: Allogamus laureatus y Serratilla hispanica.