 La Comunidad de Madrid, a través de la gestión del Parque Natural de Peñalara, comenzó en el año 1992 la localización de las plataformas de la colonia de buitre negro ubicada en la ZEPA “Alto Lozoya” que es una de las más septentrionales de la Península Ibérica. Para esta labor se cuenta desde el año 1997 con la colaboración de la Sociedad Española de Ornitología (SEO/BirdLife). Desde ese año y hasta la actualidad se realiza un minucioso seguimiento de la colonia.
En cualquier caso, hay que señalar que la ZEPA también cuenta con una importante comunidad de rapaces forestales donde las especies más representativas son el águila calzada (Hieraetus pennatus), halcón abejero (Pernis apivorus), águila culebrera (Circaetus gallicus), alcotán europeo (Falco subbuteo) y busardo ratonero (Buteo buteo), aunque están presentes otras especies. También hay rapaces rupícolas como el buitre leonado (Gyps fulvus) y el halcón peregrino (Falco peregrinus). Esta comunidad, junto con las ricas comunidades de paseriformes forestales y de alta montaña, aumenta aun más los valores ornitológicos de esta ZEPA.
Las primeras estimaciones conocidas de la población de buitre negro en el año 1973 cifraban la población de Madrid en 6 parejas. Los últimos datos del año 2008 arrojan un total de 85 parejas (79 reproductoras y 6 no reproductoras) para la ZEPA. De éstas un 57,6% se localiza en montes de titularidad privada y el 42,4% restante en montes de titularidad pública. De las 85 parejas que realizaron la puesta fracasaron 37 (46,8%). El restante 53,5% de las parejas reproductoras sí tuvieron éxito en la reproducción, dando lugar a 42 pollos volados en la colonia. Durante las tareas de seguimiento se han localizado 127 plataformas de buitre negro, de las cuales 102 se mantienen en buen estado.
La población de buitre negro de la colonia supone el 86,5% de la población madrileña y el 4,2% de la población española. La tendencia poblacional es claramente positiva: con un incremento del 233% entre 1989 y 2007, y una media anual de crecimiento en este periodo del 13%.
Los valores medios de productividad (pollos volados por pareja) y éxito reproductor (pollos volados por pareja reproductora) son de 0,59 y 0,69 respectivamente. En estos años han volado en la colonia 441 pollos, con una media anual de 36,3 pollos, cifra que ha ido aumentando a lo largo del periodo como consecuencia del crecimiento poblacional de la colonia.
 Una parte importante de los trabajos de conservación abordados en la última década ha estado dedicada al marcado de parte de la población de buitre negro. El anillamiento de pollos en la colonia de la ZEPA “Alto Lozoya” se inició en el año 1998; desde entonces hasta 2008 se han anillado 362 pollos, que han dado lugar ya a más de 300 controles y aportado mucha información sobre causas y puntos de mortalidad, zonas de dispersión, filopatria, etc. Durante el anillamiento se procede también a la toma de la biometría básica a todas las aves y muestras biológicas para su sexado.
El anillamiento de adultos se inició en el año 2003 y se han marcado ya 22 ejemplares adultos con emisores. Estos trabajos están permitiendo recopilar gran cantidad de información sobre el buitre negro en esta colonia que sirve para conocer mejor su biología, los problemas que puede tener e intentar establecer soluciones para conservar esta especie amenazada.
En el año 2008 se han logrado 70 controles de 47 buitres diferentes. De estas 47 aves, 32 son aves anilladas como pollos en la colonia de Rascafría y quince como adultos. De los controles, 55 se han realizado en Madrid, 10 en Segovia, 2 en Ciudad Real, y ha habido un único control en Cádiz, Salamanca y Toledo.
El trabajo de control y seguimiento de esta población se realiza, aparte de para conocer la población y su evolución, para poder gestionar posibles actividades que podrían afectar al buitre negro. La principal actividad en la que se trabaja para compatibilizar la explotación de los recursos naturales de la zona con la conservación de los valores naturales, en este caso especialmente con el buitre negro, es la explotación maderera. Tampoco debemos olvidar que se trata de una zona próxima a Madrid y con una presión turística de cierta importancia. Todo ello se gestiona para que el buitre negro y las actividades humanas en el entorno de un espacio protegido puedan coexistir.
Respecto a la gestión de los trabajos forestales para evitar afecciones sobre las rapaces de la ZEPA, sólo en 2008 se ha actuado sobre 19 parejas diferentes de buitre negro y 6 territorios de águila calzada. Esto supone que se ha llevado algún tipo de gestión sobre el 22,4% de las parejas de buitre negro de la colonia. Los trabajos han consistido en estudiar posibles molestias, establecer limitaciones de los trabajos y realizar el control de posibles molestias en el campo.
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