El mantenimiento y la conservación de la diversidad genética de cualquier especie, requiere conocer su variabilidad genética y establecer cómo se distribuye ésta a lo largo de las diferentes poblaciones que la componen.

En este sentido, los datos moleculares son esenciales para poder obtener una aproximación adecuada y entender los procesos que configuran la estructura genética de cada una de las poblaciones. Al realizar análisis genéticos a las truchas del Valle de El Paular, la presencia o ausencia de un determinado alelo típico de las poblaciones centroeuropeas permite el diferenciar los ejemplares autóctonos de los introducidos o hibridados con estos últimos. Se puede estimar así los efectos de las repoblaciones efectuadas a partir de líneas procedentes del centro y norte de Europa.

En 2005 se recogieron y analizaron un total de 16 muestras: 10 procedentes de epiteliales de escamas tomadas de ejemplares vivos del río Lozoya y el arroyo Aguilón (Puerto de la Morcuera), y 6 de ejemplares hallados muertos en el río Lozoya en verano de 2005. De acuerdo a los resultados obtenidos, se puede afirmar que los 16 ejemplares analizados presentan el genotipo LDH-C*100/100 que caracteriza a los ejemplares nativos de la península Ibérica, por lo que en todos los casos se trata de ejemplares autóctonos que no presentan introgresión genética por parte de los ejemplares de piscifactoría procedentes del centro y norte de Europa caracterizados por el genotipo LDHC*90/90.

Se confirma así el excelente estado, desde el punto de vista genético al menos, que presenta la población de trucha del Valle de El Paular. Este hecho ha permitido iniciar una línea de colaboración con la Universidad Politécnica de Madrid, con vistas a conservar en sus instalaciones un reservorio genético de trucha autóctona del Lozoya, con vistas a una futura producción en piscifactoría para poder acometer programas de reintroducción o de mejora piscícola del río Lozoya y sus tributarios.