El Parque Natural de Peñalara y el ámbito de su comarca forestal constituyen uno de los lugares con mayor riqueza de especies amenazadas y de hábitat singulares de la Comunidad de Madrid. El 8,2 % de su flora está formada por especies finícolas (cuyos límites de distribución coinciden con la comarca y su entorno), y el 14,3% son endemismos ibéricos. El 12% de las especies se consideran raras o encuadradas en alguno de los tipos de rareza considerados por los expertos en conservación, en este caso, rareza geográfica (localización de especies en cinco o menos cuadrículas UTM de 1 km2), rareza de hábitat (especies que se desarrollan en hábitat con condiciones muy restrictivas y que ocupan áreas muy dispersas en el territorio), o rareza poblacional (taxones cuyas representaciones, en término de número de individuos, son siempre escasas).

La riqueza de enclaves relícticos, como pueden ser turberas, determinados roquedos, charcas y lagunas, bosquetes de determinadas especies, etc. está siendo además puesta de manifiesto con la actual realización de la cartografía de la vegetación de la comarca forestal.

Muchas de las especies de flora consideradas como raras que existen en la zona de estudio se encuentran incluidas dentro del Catálogo Regional de Especies Amenazadas de la Comunidad de Madrid (CREAM) en sus diferentes categorías (en peligro de extinción, sensible a la alteración del hábitat, vulnerable o de interés especial).

La cartografía de la vegetación, así como la cartografía de especies amenazadas, ha proporcionado valiosa información. Por un lado, ha permitido conocer la localización y la delimitación de enclaves singulares para la flora y la vegetación, y por otro lado la localización de nuevas poblaciones de especies en peligro de extinción, sensibles o vulnerables. Con este proyecto se pretende estudiar su situación actual, con el fin de definir su grado de amenaza, y desarrollar medidas de conservación en función del grado en que se encuentren. En una primera fase realizada durante el año 2007, se han seleccionado varias especies en función de su presencia en el Libro Rojo de la Flora Vascular amenazada de España, o en el CREAM con categorías A o B.

Una vez localizadas las poblaciones de estas especies se ha iniciado la toma de datos de campo, comenzando por los relativos al comportamiento ecológico y los censos poblacionales mediante conteo directo o estimaciones, según el tamaño de las poblaciones estudiadas.

Al igual que en el Cuaderno de Campo, también se ha diseñado para PDA un módulo GPS para el Atlas de Flora Singular, recopilando datos de las 23 especies de flora más amenazadas de la Comarca.