La segunda fase de la restauración ambiental de Valcotos se realizó entre 1999 y 2000. Consistió en la restitución del relieve original, la recuperación de la red hídrica y el control de la erosión.

La restitución del relieve ha consistido en la recuperación de la fisiografía del terreno previa a la realización de las obras de la estación de esquí sin traer material de fuera. Fundamentalmente se han abordado tres aspectos en la restitución:

1) La eliminación de explanadas, desmontes y taludes, procurando no desestabilizar las zonas modificadas pero estables.

Estado previo y posterior a la restitución topográfica

2) La naturalización de acumulaciones artificiales de piedras (cordones de piedras en los laterales de pistas).

3) El control de la erosión en cárcavas mediante la instalación de barreras disipadoras de energía.

La regeneración de la red hídrica se ha realizado por medio de la recuperación de arroyos enterrados, la clausura de drenajes en las pistas de esquí y la recuperación del trazado original de arroyos desviados.

Evidentemente, la restitución topográfica no puede restaurar la disposición original de los depósitos glaciares, por lo que únicamente se pretende acabar con el impacto paisajístico, controlar los riesgos de desprendimientos, minimizar los problemas de erosión y preparar el suelo para que se vean favorecidos los procesos naturales de colonización vegetal. Del mismo modo, algunos arroyos sufrieron una transformación tan radical (enterramiento, desvío a otra cuenca hidrográfica) que la actuación sobre los arroyos se ha limitado a recuperar el trazado original o su cuenca hidrográfica.

La restauración se continuó en una tercera fase, y los resultados del proyecto ya son muy evidentes.