La tercera fase de la restauración ambiental de Valcotos se viene relizando desde el año en el 2000 y consiste en la regeneración de la cubierta vegetal. Con esta resturación vegetal se pretende:

o Contener los intensos procesos de erosión

o Conseguir una vegetación igual a la de las zonas colindantes no alteradas

o No introducir especies foráneas ni material genético distinto al de Peñalara.

Para ello se plantearon los trabajos en distintos proyectos que se solapan en el tiempo, sobre todo en los primeros años. Las principales tareas desarrolladas a este efecto son:

1) Recolección de semillas para siembras directas o para producción de planta en vivero.

o Leñosas: Adenocarpus hispanicus, Betula alba, Cytisus oromediterraneus, Ilex aquifolium, Juniperus communis subsp. alpina, Pinus sylvestris, Populus tremula, Salix atrocinerea, Sorbus aria, Sorbus aucuparia, Taxus baccata

o Herbáceas: Deschampsia flexuosa, Dianthus legionensis, Nardus stricta, Festuca curvifolia

2) Transplante de material vegetativo entre distintas zonas en restauración

3) Vallado de la zona de actuaciones para favorecer el crecimiento de las especies plantadas o semilladas y la regeneración natural. Para ello se instalan todos los años más de 3.500 metros de cerramiento para el ganado y unos 400 metros de vallas de bajo impacto para evitar que los visitantes entren en las zonas en recuperación.

4) Aporte de materia orgánica y banco de semillas en las zonas más alteradas (unas 2 hectáreas) utilizando la tierra procedente de la limpieza de los cortafuegos de la zona.

5) Plantación manual de primavera y otoño desde 2001.

6) Riegos de apoyo en las zonas más difíciles de recuperar. El régimen de riego ha ido bajando, de forma que en la actualidad únicamente sube durante el verano un vehículo al día (unos 400 l) que riegan algunos sectores.

Aunque todavía se está trabajando en la regeneración de la cubierta vegetal, los resultados del proyecto ya son muy evidentes.