En 1990, fecha de declaración del Parque Natural, la laguna de Peñalara presentaba un lamentable estado de conservación. Para empezar, en la laguna había sido introducida una especie piscícola exótica, el salvelino, que ocasionó la desapación de numerosas especies acuáticas que existían en esta laguna. Afortunadamente, esta especie ha sido erradicada de la laguna.

La puesta en funcionamiento de la estación de esquí alpino Valcotos a principios de los años 70 no hizo más que incrementar el uso turístico del macizo de Peñalara, y en particular de la cuenca de la laguna Grande.

Respecto a los impactos generados por visitantes, se debe mencionar la celebración anual desde los años 20 del siglo pasado de una travesía popular a nado todos los primeros domingos de agosto, llegando a congregar más de 4.000 personas en las últimas ediciones. Afortunadamente, la propia organización decidió en 1997 la suspensión definitiva, con el fin de colaborar en las tareas de restauración y conservación del Parque Natural.

La afluencia masiva de visitantes es la que generó evidencias de degradación ambiental a principios de la década de los 80. Este deterioro se puede resumir en cuatro principales problemas ambientales, aunque muy relacionados unos con otros:

• Acumulación de basuras.

• Eutrofización de las aguas.

• Erosión de las orillas.

• Presencia de una especie piscícola alóctona introducida.

Sin embargo, en 1990 se produce un punto de inflexión en el deterioro progresivo de esta zona húmeda de alta montaña. En esta fecha se produce la reclasificación de la antigua figura de Sitio Natural de Interés Nacional a la actual de Parque Natural. Con la reclasificación se toman las primeras medidas de urgencia para evitar los problemas ambientales detectados (prohibición del baño y de la acampada).

A partir de esa fecha se realizaron una serie de investigaciones limnológicas en esta laguna, que se continúan en la actualidad en un seguimiento limnológico.