Al declive mundial que sufren los anfibios no son ajenas las poblaciones de Peñalara. Años de investigación y seguimiento han permitido conocer la realidad de los anfibios en el Parque y registrar el descenso de las poblaciones de algunas especies como el sapo partero, la rana patilarga o la salamandra común.

El Centro de Cría de Anfibios en Cautividad de la Sierra de Guadarrama es una de las medidas de conservación activa que pone en marcha la Consejería de Medio Ambiente de la Comunidad de Madrid para recuperar las poblaciones de anfibios. Su objetivo es producir individuos para introducirlos en el medio natural y que sirvan de refuerzo a las poblaciones naturales.

Actualmente está en marcha la cría en cautividad del sapo partero y la cría en cautividad de la rana patilarga.

El Centro se apoya en las instalaciones el Centro de Investigación y Gestión del Puente del Perdón, si bien el área de cría en cautividad propiamente dicho está dividida en varias zonas:

• Sala de larvas: contiene 38 acuarios de 80 litros cada uno y una capacidad para alojar, aproximadamente, unas 3.000 larvas de diferentes metapoblaciones, que son mantenidas en acuarios diferentes para permitir el posterior cruce selectivo. Cada acuario consta de su propio sistema de desagüe y filtro independiente para la limpieza y renovación del agua y de una lámpara con radiación UV A y B conectada a un programador. La sala cuenta con un sistema de aire acondicionado que permite regular la temperatura. Cuando las larvas están a punto de completar la metamorfosis son colocadas en acuarios acondicionados con una playa de arena para facilitar el paso a la fase terrestre.
  
• Sala de adultos: posee también un aparato de aire acondicionado que mantiene una temperatura que favorece el rápido crecimiento de los animales ya metamorfoseados y los hace menos sensibles a la quitridiomicosis, al inhibir, en cierta medida, el crecimiento del hongo. Los ejemplares adultos son mantenidos en cajas de plástico de diferentes dimensiones, con un sustrato de tierra o grava en el fondo, un pequeño depósito con agua y un sistema de riego automático por goteo, así como una lámpara de luz UV A y B.
• Sala de alimento vivo: se encuentra a una temperatura de unos 30 º C y cuenta con 8 cubetas de grandes dimensiones donde se mantiene una colonia de grillos y tenebrios para alimentar a los individuos que ya han completado la metamorfosis.
• Zona de trabajo: Se emplea para la elaboración y conservación del alimento de larvas y grillos y el registro informatizado de los individuos que llegan al centro.
  
• Balsa de tratamiento del agua: Se emplea para dar un tratamiento al agua procedente de las instalaciones de cría.